潮汐式育苗系統在結構上可分為以下四部分：
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1.幼苗生長部分：包括培養的植物品種、生長基質和育苗容器。根據植物種類、生長發育階段和生長環境，充分考慮生長基質、育苗容器，設定好灌水參數。
2.植床部分：能滿足基質對水肥的吸收，要求不滲漏，水肥能均勻地到達育苗容器的底部，保證株間基質吸水肥的均勻性和一致性，從而確保幼苗的整齊性生長。目前常用的植床形式有固定式植床、移動式植床、地面式植床、槽式植床和托盤式植床。
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3.循環管路部分：由儲水池、肥料罐、施肥機、消毒裝置、回液池、動力系統、輸水管道等組成。
4.控制部分：有兩方面的控制，一是控制灌溉的時間，二是把控肥料的濃度。
以上4個系統是潮汐式灌溉的基本組成部分，也可以根據實際育苗的需要，安裝輔助設備。