西瓜苗期病害較多，苗期的猝倒病，立枯病嚴重，有些大棚的死苗率在40%左右。造成這些的原因是在苗床的選擇，基質選擇，苗子的培育方面都存在問題。
1、苗床大都隨意選擇離基地近的大棚，采用三膜覆蓋育苗，溫度濕度無法控制，育苗土也是稻田里的土直接使用，土壤酸，病菌多，有機質含量低，通透性差，不利于根的生長。
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2、有些地方還沒有對種子進行消毒處理的意識，導致種子帶菌引發的病害多。出苗后的管理跟不上，沒有溫度濕度控制設備，甚至沒有溫度濕度計，無法知道并調節苗床的溫濕度，一切操作全憑感覺，后期移栽前不知道煉苗，或者煉苗不科學。
3、有的基地采用了專用的基質，但將苗放在地膜上，為了灌水方便，將營養缽去掉，這樣一來，水分蒸發快，要經常灌水，灌水后猝倒病病，立枯病非常嚴重，損失巨大。
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4、解決辦法是工廠化育苗，規范化育苗。西瓜巨大的種植面積，決定了育苗工廠存在的合理性。很多地方的西瓜種植基地非常大，苗子的需求量也很大，同時種子的價格很高，成苗率低，因此工廠化育苗的建立勢在必行。