進行有機生態型無土栽培必需具備一定的保護設施，如溫室、日光溫室和大棚等，“在這些保護設施內還需安裝有機生態型無土栽培系統，包括栽培槽、栽培基質和灌水設施等。有機生態型無土栽培主要采用基質槽培的形式，適宜用作有機生態型無土栽培的基質很多，如：草炭、蛭石、珍珠巖、炭化稻殼、椰子殼、棉籽殼、樹皮、鋸末、刨花、葵花稈、玉米稈、沙、礫石、陶粒、甘蔗渣、爐渣、酒糟、蘑菇渣等，因而無土栽培生產者應根據當地的具體情況，選擇適合本地區需要的基質。
有些基質可單獨使用，如沙、珍珠巖等，有些基質需混合使用，常用的混合基質有：4份草炭加6份爐渣、5份沙加5份椰子殼、5份葵花稈加2份爐渣加3份鋸末、7份草炭加3份珍珠巖、5份菇渣加5份爐渣等等。基質使用年限可達3－4年。
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有機生態型無土栽培的溫度、濕度和光照管理及茬口安排等與土壤栽培基本相同。